กระบวนการเก็บข้อมูลและตัวอย่างเบื้องต้น ได้รับการสนับสนุนจากทุน Sci Super VII ของคณะวิทยาศาสตร์ ทีมวิจัยของผศ.ดร.กันตภณ สุระประสิทธิ์ เริ่มสำรวจพื้นที่ของบ่อดิน (ภาพที่ 2) และตรวจสอบว่าชั้นตะกอนชั้นใดบ้างที่มีซากดึกดำบรรพ์ปรากฏอยู่ เก็บข้อมูลของลักษณะทางตะกอนวิทยาของชั้นตะกอนแต่ละชั้น และทำการลำดับชั้นหิน (stratigraphy) (ภาพที่ 3) โดยศึกษาและสังเกตว่า ชั้นตะกอนแต่ละชั้นประกอบด้วยตะกอนประเภทใด มีขนาดเม็ดตะกอนเท่าไร สีอะไร ตะกอนมีความหนาเท่าไร และเกิดการเปลี่ยนแปลงของการสะสมตัวของตะกอนที่ตรงความลึกเท่าไหร่ จากนั้นนำข้อมูลที่ได้มาวาดเป็นภาพที่ลักษณะคล้ายแท่งคอลัมน์ จากชั้นตะกอนที่วางตัวอยู่ด้านบนจนถึงชั้นตะกอนด้านล่าง และมาระบุขอบเขตที่ชัดเจนว่าชั้นตะกอนที่พบซากดึกดำบรรพ์คือชั้นใด

           ทีมวิจัยได้พบซากดึกดำบรรพ์ของสัตว์ทะเลต่าง ๆ เช่น หอยที่มักอาศัยอยู่ตามริมชายฝั่ง ซากปะการัง และปู ตลอดจนซากดึกดำบรรพ์ของก้ามปูที่สมบูรณ์ แต่ไม่พบกระดอง และขณะนี้กำลังอยู่ในขั้นตอนการศึกษาวิจัย ซากสิ่งมีชีวิตทั้งหมดที่ค้นพบในชั้นตะกอนดินเหนียวถือเป็นซากโบราณเรียกว่า ซากกึ่งฟอสซิล (subfossil) หมายความว่า ซากเหล่านี้ยังไม่ถูกแทนที่เข้าไปด้วยแร่ธาตุรอบ ๆ เหมือนกับซากดึกดำบรรพ์อื่น ๆ ที่มีอายุเก่าแก่มาก ๆ เป็นล้านปี

           นอกจากนี้ยังสามารถนำตะกอนหรือซากดึกดำบรรพ์ไปกำหนดอายุด้วยวิธีการใช้ธาตุกัมมันตรังสี เช่น ธาตุคาร์บอน-14 เป็นต้น กระบวนการการหาอายุด้วยธาตุกัมมันตรังสีก็มีข้อจำกัดในการหาอายุที่แตกต่างกันออกไป สำหรับงานศึกษาวิจัยของ ผศ.ดร.กันตภณ สุระประสิทธิ์ นำตัวอย่างซากดึกดำบรรพ์ของเปลือกหอย เศษเปลือกไม้จำนวน 6 ตัวอย่าง (ภาพที่ 4) ไปทำการหาอายุด้วยวิธีการใช้ธาตุคาร์บอน-14  พบซากดึกดำบรรพ์ของสัตว์ที่อาศัยอยู่ในทะเลใน ชั้นดินเหนียวกรุงเทพฯ ที่ความลึกตั้งแต่ 1 เมตรจนถึง 6 เมตรจากผิวดินปัจจุบัน  ผลจากการกำหนดอายุด้วยวิธีคาร์บอน-14 บ่งบอกว่า บริเวณของชั้นดินเหนียวกรุงเทพฯ ที่ค้นพบในบ่อดินองครักษ์นี้ มีอายุตั้งแต่ประมาณ 5,500 ปีก่อน โดยนับจากปี ค.ศ.1950 ส่วนชั้นล่างสุดของตะกอนดินเหนียวกรุงเทพฯ มีอายุอยู่ที่ประมาณ 8,000 ปีก่อน ซึ่งเป็นชั้นที่มีการค้นพบซากหอยนางรมยักษ์ เหมือนกับที่วัดเจดีย์หอย จังหวัดปทุมธานี

           ขั้นต่อไปเป็นการจำแนกซากสิ่งมีชีวิตที่พบเหล่านี้ตามหลักการทางอนุกรมวิธาน ดังนั้นจึงมีความจำเป็นต้องนำซากดึกดำบรรพ์เหล่านี้กลับมา นำมาล้าง ปัดฝุ่น แล้วแยกลักษณะทางสัณฐานวิทยา แล้วจึงจัดทำเป็นฐานข้อมูล ทำรหัส ทาน้ำยารักษาสภาพกันความชื้น อุณหภูมิ แล้วทำการแยกเป็นใส่ตัวอย่างซากดึกดำบรรพ์แต่ละประเภทไว้ จากนั้นจึงนำซากดึกดำบรรพ์เหล่านี้มาศึกษาเปรียบเทียบกับตัวอย่างของสัตว์ทะเลปัจจุบัน ผลจากการศึกษา พบว่าซากดึกดำบรรพ์ของหอยส่วนใหญ่เป็นสายพันธุ์ที่สามารถพบได้ในป่าชายเลนหรือในบริเวณที่มีน้ำขึ้นน้ำลงในปัจจุบัน หรือบริเวณที่ได้รับอิทธิพลของน้ำขึ้นน้ำลงอยู่ (intertidal zone)